Os dois formatos abertos mais comuns para armazenar e-mails são mbox e Maildir .
Ambos basicamente colocam todo o email (que é um fluxo de bytes [ASCII]) em um arquivo.
A única diferença real é que o mbox coloca todos os emails em um arquivo (concatenado, com uma linha separadora), enquanto o Maildir coloca todos os emails em um diretório (daí o nome :-)), mas com um arquivo por email.
Ambos são bem suportados por muitos programas, então ambos farão.
Ambos têm algumas vantagens e desvantagens no manuseio do dia-a-dia; veja o artigo da Wikipedia para detalhes. Para o arquivamento, isso não deve ser relevante, portanto, o fará. O Mbox não é realmente padronizado (daí possivelmente problemas de compatibilidade), então eu gostaria de me inclinar para o Maildir, mas ambos provavelmente estão bem.