Por padrão, ssh desabilita o login raiz: você deve efetuar login como usuário e usar su ou sudo para se tornar root.
Esta é uma etapa extra de segurança: se um invasor souber ou descobrir a senha do usuário, ele poderá ssh da máquina, mas não se tornar root.
Dito isso, se você quiser desabilitar esse comportamento, edite /etc/ssh/sshd_config e adicione a linha PermitRootLogin Yes .