Eu tive o problema oposto com a minha Samsung e uma placa ATI, que foi mostrada com barras pretas na borda por padrão enquanto rodava em 1920x1080 nativo - a TV estava configurada para 'apenas escanear'.
Eu consertei isso no Catalyst Control Center - havia uma opção de underscan que por padrão era configurada para permitir que programas de TV como o seu exibissem a imagem completa - isso escalava a imagem sem alterar o sinal enviado para a TV ainda full HD e uma resolução padrão).
Não tenho certeza se a nVidia tem algo parecido, embora ...
Quanto a 'por que diferente em VGA e HDMI' - acredito que seja a mesma razão que a maioria dos monitores padrão - a VGA é dimensionada com base nos pixels ativos mais distantes em cada direção (por exemplo, 'Ajuste automático' na maioria dos monitores) Considerando que o HDMI contém informações de resolução, o que significa que não há escalonamento de tentativa e erro. Se a pergunta era por que diferente em DVI vs HDMI, eu ficaria perplexo:)