Não tenho certeza, qual é o problema. Se você deseja executar o prompt de construção do VC na aba ConEmu - basta configurar sua linha de Comando de Tarefas ou de Inicialização para algo como isto
cmd /k "C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 10.0\VC\vcvarsall.bat" x86
Se você deseja obter um atalho, execute algo como
"C:\Program Files\ConEmu\ConEmu.exe" /cmd cmd /k "C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 10.0\VC\vcvarsall.bat" x86