Não tenho certeza do que você quer dizer com "senha do sistema". Se você está falando sobre a senha para uma conta de administrador, ou mesmo para o root, isso não é um problema; A segurança do FileVault é completamente independente da segurança geral do sistema operacional (bem, com uma exceção: se alguém subverter a caixa, instalar algo como um keylogger, devolverá a senha do FV enquanto você faz login ...).
OTOH, se a "senha do sistema" que você está falando é o que o Security prefs chama de "Master password", então qualquer um que adivinhe isso tem um backdoor fácil no seu FV. Mas não é reajustável com o disco de instalação ou qualquer outro método que não envolva saber para começar. Então isso não é realmente uma preocupação.
Agora, para segurança de backup: o Time Machine não é um problema (com a ressalva que Arjan mencionou, que ele não pode fazer backup de sua conta enquanto você está conectado) porque faz backup dos dados criptografados. a mesma segurança que o próprio FV tem. Você tem um pequeno incômodo ao restaurar, porque a interface de restauração inteligente do TM não pode ser vista no FV de backup, portanto, é necessário montar manualmente a imagem de backup e depois fazer o root manualmente. (Ok, mais uma pequena qualificação: como o Time Machine armazenará várias versões dos dados criptografados, pode ser possível dizer algo sobre o que está acontecendo dentro do FV observando como a versão criptografada muda; não vi ninguém analisando FV pela sua resistência a este tipo de ataque.)
O TFM está basicamente certo sobre os backups sobre os quais você não tem controle, se estiver fazendo o backup da versão não criptografada de seus arquivos. Se você está fazendo o backup da versão criptografada do FV, então você está de volta na mesma situação que o TM: ele é (na maioria das vezes) automaticamente seguro, mas você tem o aborrecimento de apenas fazer backup quando desconectado, e restaurar qualquer coisa significa baixar um instantâneo inteiro da imagem FV, montagem manual, etc.
Eu recomendaria procurar um programa projetado para backup online criptografado; bem feito, isso criptografa tudo antes de deixar sua máquina (assim você não depende da segurança do repositório) e ainda é fácil restaurá-lo. Infelizmente, não fiz a pesquisa necessária para poder recomendar uma solução específica que "faça certo" (e tenho certeza de que há muitos que fazem isso errado).