Aqui está uma citação da página iTerm:
Where does iTerm store its settings?
Since version 0.8.0, all the setting is stored in ~/Library/Preferences/iTerm.plist. In case something goes wrong, you can delete this file and iTerm will generate a new settings file that should always work.
Encerre o iTerm antes de apagar o arquivo de preferências e quando você reiniciar, ele deve estar OK.