O espaço livre na unidade e o espaço em disco usado pelo chkdisk são duas coisas diferentes. Cada disco rígido possui algum espaço extra não alocado que é usado como espaço de substituição para setores defeituosos. Esse espaço não pode ser usado para mais nada e, na medida em que o usuário (de uma unidade que funcione normalmente) não existe.
O espaço "livre" na sua partição E: não é gratuito. É ocupada pela partição E: (e mesmo se você apagou a partição, ela ainda não está livre no significado de janelas "livres" está usando).
Basicamente, cada setor em um disco rígido possui seu próprio número. Normalmente, no final da unidade, há setores extras que não são numerados. Eles são usados quando um setor vai mal. O número do setor defeituoso é removido do setor e atribuído a um dos setores sem um número. Desta forma, o setor ruim é "fixo".
No final, a única coisa que você pode fazer é substituir a unidade. Cada unidade possui um número finito de setores normais e um número finito de setores sobressalentes. No seu caso, os setores da longarina estão esgotados.
Outra coisa que é interessante é encontrar a causa de setores defeituosos. Os discos rígidos geralmente são projetados de tal forma que, durante sua vida útil, ele não ficará sem setores sobressalentes. Isso significa que algo está gerando um número anormalmente grande de setores defeituosos em sua unidade e que algo vai obter seus dados mais cedo ou mais tarde, portanto, mesmo que consiga corrigir isso ou decidir ignorar o chkdisk, considere a substituição da unidade porque há uma grande chance de que ele falhe completamente.