Edite o comando para:
updatedb --require-visibility 0 -o ~/.locate.db
de "updatedb (8)":
-l, --require-visibility FLAG
Defina o sinalizador " exigir visibilidade do arquivo antes de denunciá-lo " no banco de dados gerado para FLAG.
Se FLAG for 0 ou não, ou se o arquivo do banco de dados for legível por "outros" ou não pertencer ao slocate, o locate (1) gerará as entradas do banco de dados mesmo que o usuário que está executando o locate (1) não tenha lido o diretório necessário para descobrir o arquivo descrito pela entrada do banco de dados.
Se o FLAG for 1 ou yes (o padrão), o locate (1) verificará as permissões dos diretórios pai de cada entrada antes de relatá-la ao usuário solicitante. Para tornar a existência do arquivo realmente oculta de outros usuários, o grupo de banco de dados é configurado para slocate e as permissões de banco de dados proíbem a leitura do banco de dados por usuários que usam outros meios além de locate (1), que é set-slid.
Observe que o sinalizador de visibilidade é verificado apenas se o banco de dados for de propriedade de slocate e não for legível por "outros".