Eu acho que um arquivo como o que você está descrevendo é, para fins práticos, agindo como um arquivo binário e você deve tratá-lo como tal.
Você pode atacá-lo com um editor hexadecimal, mas isso não ajuda na parte do EBCIDC.
Se você tiver que editar bastante este arquivo e estiver intimamente familiarizado com seu formato de registro de tamanho fixo, pode valer a pena o seu tempo para preparar algo em Perl ou outro idioma (sugiro Perl porque é antigo e muito provavelmente teria módulos que convertam UTF-8, etc. para EBCIDC), que funcionariam com o formato específico desse arquivo.