Eu estava procurando o mesmo e logo depois de ler esta pergunta eu encontrei a solução para minha configuração (Debian 8, Gnome-Flashback): A chave relevante está em org.gnome.desktop.wm.preferences, "button-layout ". Editado com o dconf-editor de "appmenu: close" para "appmenu: minimize, maximize, close" e os botões estão de volta: -)
Atenciosamente, Joachim