Na Política de Grupo, você pode fazer algo assim
Para iniciar o editor de política de grupo: Iniciar / Executar / gpedit.msc
Em seguida / Configuração do computador / Modelos administrativos / Componentes do Windows / Windows Update
existe uma opção como "Não reinicialização automática com usuários conectados para instalações de atualizações automáticas programadas"
Se não, você pode configurá-lo para Ativar. Por isso, irá informá-lo com um pequeno pop-up sobre a reinicialização, mas não fará nada até que você clique nele.