Se você estiver instalando, experimentando e desinstalando muitos softwares, a VM será muito útil, pois eles poderão ser redefinidos rapidamente para permitir o teste de novos softwares em um ambiente "limpo", para que haja outras vantagens.
Quanto à sua pergunta:
Possivelmente. Depende inteiramente do software.
Se um software usa / instala serviços, entradas de registro, tarefas em segundo plano, drivers, DLLs compartilhadas, etc - então sim, você poderia potencialmente perder o desempenho. Ainda mais se não os remover quando desinstalar o software.
Mas, qualquer software bem escrito deve ser completamente limpo depois de desinstalado.
Resultado final
Se o software não estiver em execução e não instalar serviços, entradas de registro, tarefas em segundo plano, drivers, DLLs compartilhadas, etc., isso reduzirá apenas o espaço em disco e não afetará seu desempenho (a menos que você esteja sem espaço em disco, mas você tem problemas mais amplos).
Se o software instala qualquer serviços, entradas de registro, tarefas em segundo plano, drivers, DLLs compartilhadas, etc. (e / ou deixa para trás quando desinstalado), você pode obter perda de desempenho. Mas também pode não ser perceptível até que você tenha feito isso com muitos softwares, dependendo de quão poderoso seu sistema é.