~/.zshrc é a configuração de usuário do zsh para shells interativos. (na verdade, é $ZDOTDIR/.zshrc , mas HOME é usado se ZDOTDIR não estiver definido)
~/.zshrc-e não tem significado especial para o zsh e não é usado por ele. A menos, claro, que você carregue em algum lugar em ~/.zshrc . (Se eu tivesse que adivinhar, eu diria que é provavelmente apenas um backup / cópia de ~/.zshrc , mas isso é fácil de verificar.)