youtube-dl 2015.01.23.4 and newer will automatically correct the header of the m4a file if ffmpeg is present on the system.
Fonte: youtube-dl
: Arquivos do Youtube m4a baixados com --extract-audio não podem ser reproduzidos em alguns players
Tudo o que você precisa fazer é adicionar o caminho ao diretório que contém o binário ffmpeg à sua variável de caminho do sistema (assim no Windows 7):
Ou use o argumento de linha de comando --ffmpeg-location <path to ffmpeg binary or its containing directory>
ao chamar youtube-dl, para permitir que o youtube-dl através do ffmpeg corrija isso automaticamente.