O Time Machine não fará backup de partições que não estejam formatadas no Mac OS Extended (por exemplo, HFS +). Portanto, a partição de dupla inicialização não será submetida a backup automaticamente. Dito isto, os programas que fazem backup de toda a unidade, incluindo as partições, normalmente são usados para uma clonagem única de uma unidade inteira e não para backups regulares, na minha opinião. Uma ótima ferramenta de backup, se o seu SO de inicialização dupla for o Windows, é Winclone . Use-o em combinação com o Time Machine e seu sistema deve ter o backup suficiente. Apesar da imagem abaixo mostrar Macintosh HD , a Winclone é especializada em partições FAT32 / NTFS.
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No caso em que o SO dual boot é Linux, minha sugestão seria formatar um disco rígido externo com 2 partições com os mesmos sistemas de arquivos que os sistemas operacionais. Em seguida, faça backup de cada sistema operacional de forma independente, com as ferramentas disponíveis no sistema operacional host. Mais uma vez, acho que é muito mais confiável fazer backup de arquivos alterados regularmente, em vez de clonar a unidade inteira. Então, por exemplo, rsync no Linux e no Time Machine no OS X.
EDIT 2
Winclone parece estar descontinuado agora. Utilitários de backup regulares do Windows podem ser usados em vez de um externo em formato NTFS.