Como renomear arquivos em lote com o comando Unix rename?

Question

Eu tenho arquivos cujos nomes se parecem com isso:

Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.indel.novoalign.sam
Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.indel.bwa.sam

O que eu quero fazer é substituir todos os indel por snp nos nomes cedendo

Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.snp.novoalign.sam
Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.snp.bwa.sam

Mas por que esse comando unix não funciona?

$ rename 's/indel/snp/' *.sam

    

Answer 1

Porque você está usando o programa de renomeação incorreto. Este é o caminho certo.

    

Answer 2

O utilitário "normal" rename (parte de util-linux ) recebe 3 ou mais argumentos (como mencionado no TFM ..)

rename FROM TO filespec...

Assim, você está (provavelmente) procurando:

rename .indel. .snp. *.sam

Teste isso em um diretório temporário primeiro, pois você pode estar usando a outra implementação de rename .

Ou verifique a página do manual. tosse

    

Answer 3

ls -1 | while read item
do
  mv $item $(echo $item|sed -e s/.indel./.snp./g);
done

    

Answer 4

rename não faz substituições no estilo sed . Este script Perl muito curto permite que você faça regmv *.sam s/indel/snp/ :

#!/usr/bin/perl -w
#
# regmv - Rename files using a regular expression
#
# This program renames files by using a regular expression to
# determine their new name.
#
# Usage: regmv file [file ...] regexp
#
# $Id: regmv,v 1.1 1998/10/14 17:07:55 blrfl Exp $
#

sub at_clean()
{
    my $message = $@;
    $message =~ s|\s+at /.*$||s;
    return $message;
}

(@ARGV > 1)
    || die "Usage: regmv [options] file [file ...] regexp\n";

my $expr = pop @ARGV;

$_ = 'SomeValue';
eval "\$_ =~ $expr";
die "Yuck: " . at_clean() if $@;

foreach (@ARGV)
{
    my $old = $_;

    eval "\$_ =~ $expr";

    next if $_ eq $old;

    (rename $old, $_)
        || die "Rename failed: $!\n";
}