O caractere usado pelo tmux para desenhar a borda do painel é │
ou U+2502
. É uma linha de 1px ou 2px no meio da célula. O resto da célula está vazio e você está vendo a cor de fundo do seu terminal em cada lado da linha.
Eu vejo três maneiras de "consertar" isso.
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Use a mesma cor de fundo no Vim e no seu emulador de terminal.
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Peça ao tmux para desenhar bordas com a mesma cor para o segundo plano e o primeiro plano.
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Diga ao tmux para usar outro caractere como █ para desenhar as bordas.
As duas últimas soluções farão suas bordas visivelmente mais grossas e a última pode apresentar problemas de exibição dependendo da fonte que você usa.
Eu pessoalmente tenho meu plano de fundo do Vim e meu plano de fundo do terminal configurado para a mesma cor.
(obrigado ZyX)