Você pode fazer mais ou menos qualquer coisa com argumentos de linha de comando. Há algo específico que você deseja fazer que não apareça na página man?
wry@onyx:~$ ssh-keygen -t dsa -N "my passphrase" -C "test key" -f mykey
Generating public/private dsa key pair.
Your identification has been saved in mykey.
Your public key has been saved in mykey.pub.
The key fingerprint is:
2f:17:a4:5d:6f:25:d7:5a:0e:84:be:af:ee:52:8b:42 test key
(o resto foi cortado por brevidade)