Existe uma diretiva 'ignorespace' que não salva comandos com espaço em branco no início da linha, o que é possível quando você está recortando e colando. Existe uma diretiva 'ignorados' que salva apenas a instância mais antiga de um comando, o que pode ser o caso aqui se você tiver um arquivo de histórico longo e tiver usado o comando antes. Mas, ambos não estão configurados na minha máquina OSX10.6, então, a menos que você ligou, provavelmente isso não explicará sua situação.
Outro cenário é que você se envolveu com outro usuário, o que poderia ser o caso se você estivesse cortando e colando comandos de algum outro lugar para consertar algo, então quando você abandonar esse usuário (normalmente usuário root), o histórico do bash não está disponível para você porque está no histórico do usuário privilegiado, não no seu.