Não há nenhuma limitação "técnica" para isso, pois o Windows perguntará qual placa é a principal e a usará para todos os efeitos, a menos que você diga de outra forma através do painel de controle da Nvidia.
No entanto, não vejo o ponto de manter um cartão antigo que apenas contribua para o aquecimento e consumo de energia do seu sistema. A poeira pode ser reduzida cobrindo o orifício da caixa (se você tiver uma), mas mesmo as placas GTS mais antigas produzem um pouco de calor. Além disso, não há propósito (como notado nos comentários) em ter uma placa PhysX "dedicada", já que as placas high-end hoje em dia irão superá-las, sendo mais eficientes em termos de energia e calor.