Acho que não é possível fazer isso com configurações, mas você pode recompilar o nautilus com seu próprio tamanho de ícone (e não é muito complicado). Eu compilei 5 minutos atrás e esta foi a primeira vez que compilei uma coisa do Ubuntu, mas funcionou, então você também pode fazer isso.
Aqui é um bom How-To, eu fiz assim com o nautilus 3.4.2 (apenas diferença : a linha a mudar é a linha 369, eu procurei por "pixbuf = nautilus_icon", o valor para alterar o tamanho do ícone é icon_size)
Por exemplo, eu mudei para 5, então os ícones são muito pequenos
original:
com novo tamanho:
