Você pode executar o mysql no modo batch, como indicado na documentação .
mysql -h host -u user -p < batch-file
Basicamente você usa um arquivo contendo todos os seus comandos como um parâmetro de entrada - o mysql irá executar o conteúdo desse arquivo.
Edit: Se você quiser construir sua consulta em tempo real, você sempre pode fazer com que seu arquivo batch escreva uma consulta para um arquivo temporário que você possa carregar para execução pelo mysql. Por exemplo:
echo show tables from test > C:\path\to\file.sql
mysql -h host -u user -p < C:\path\to\file.sql