O Zopfli não pode manipular o PNG diretamente.
Mas você pode usar ehoeks-zopfli-png :
zopfli --png --i1000 logo.png
Você terá que compilá-lo:
git clone https://code.google.com/r/ehoeks-zopfli-png
cd ehoeks-zopfli-png/
make
./zopfli --png --i1000 logo.png
Observe que isso só será compactado novamente usando o algoritmo DEFLATE. Você deve otimizá-lo primeiro usando outras ferramentas ( OptiPNG , pngout , etc ...) e outras técnicas (um pouco fora do tópico aqui, mas verifique pngquant para compactação com perda inteligente de PNG)
Após a compactação, ainda é possível otimizá-lo ainda mais usando ferramentas como DeflOpt e defluff , mas, até onde eu sei, isso economizará apenas alguns bytes.
Outra solução, somente para Windows, é PNGZopli , incluída em ScriptPNG juntamente com outras ferramentas. E também há optipng-zopfli (optipng plus zopfli), mas ainda não tentei.
Atualização : o suporte do PNG é adicionado zopfli