Esta resposta diz respeito ao VLC 2.0.7, mas pode funcionar para versões anteriores.
Na barra de menus, selecione VLC -> Preferences
Em seguida, pressione Show All
Navegue até Interface -> Hotkey Settings -> Hotkeys
E altere MouseWheel up-down axis Control
para Ignore
Em seguida, reinicie o VLC ( VLC-> Quit
)
Esta opção não é bem nomeada, pois só especifica o eixo de cima para baixo. No entanto, configurá-lo para ignorar desativa ambos os eixos, up-down e left-right.