Você poderia virtualizar os aplicativos com um programa como ThinApp (anteriormente Thinstall). Ele envolve o executável em uma VM para que todo o acesso a arquivos e registros seja feito em um sistema de arquivos virtual e em um registro armazenado em uma pasta. É claro que requer um pouco de trabalho para analisar e envolver cada programa, mas, uma vez feito isso, você pode implantá-los nos clientes como faria com qualquer outro programa.
Da mesma forma, você poderia portar os programas, mas isso não é tão seguro quanto virtualizá-los.