Dê uma olhada no pacote xtrlock , disponível nos repositórios do Ubuntu. Eu acho que vai conseguir o que você está procurando.
Você pode visualizar sua página de manual on-line aqui: link
Enquanto o xtrlock está sendo executado, o mouse e o teclado são capturados e o cursor do mouse se torna um cadeado. A saída exibida pelos programas X e as janelas colocadas pelos novos clientes X continuam visíveis e qualquer nova saída é exibida normalmente. O mouse e o teclado são retornados quando o usuário digita sua senha, seguido por Enter.