Bem, infelizmente eu tenho o mesmo problema e eu "hackeei" o caminho através de uma solução. Talvez alguém possa fazer isso melhor OU a Microsoft poderia consertar o teclado para ter configurações que façam com que o teclado apareça sob demanda.
Assim, você pode parar e iniciar serviços usando arquivos em lote, além de poder desabilitá-los e ativá-los também. Escrevi alguns arquivos em lote que iniciam e interrompem o TabletInputService.
start_keyboard.bat tem isso:
sc config TabletInputService start= auto
net start TabletInputService
stop_keyboard.bat tem isso:
net stop TabletInputService
sc config TabletInputService start= disabled
Então, você provavelmente precisará executar esses arquivos em lote como admin, então criei atalhos na área de trabalho para esses arquivos em lote. Clique com o botão direito do mouse nos atalhos, vá para propriedades, clique em Avançado (na guia Atalho), clique na caixa de seleção Executar como Administrador.
Agora você pode desativar e ativar quando quiser. Eu sei que é um hack, mas esta é a única solução que eu poderia pensar. Eu pesquisei por alguns dias no Google por uma solução e realmente essa é a única pergunta que eu já vi sobre isso. Todos querem que você o desinstale ou desative completamente.
Estranho que a Microsoft não tenha pensado em colocar em um cenário chamado "apenas sob demanda" para este teclado extremamente invasivo.