Você definiu a preferência "Ao inicializar, abrir:" em
Preferences > General
que seleciona somente o perfil para a nova janela criada automaticamente ao abrir o Terminal sem nenhuma outra janela restaurada.
Em vez disso, defina o perfil padrão em
Preferences > Profiles
que se aplica às janelas de terminal que você cria após o Terminal ser aberto.
Observe que, quando o perfil da janela de inicialização é o mesmo que o perfil padrão, a alteração do padrão afetará também o perfil da janela de inicialização. Se você alterar o perfil da janela de inicialização para outra coisa, ele permanecerá como está se você alterar posteriormente o perfil padrão.