Corrija-me se eu estiver entendendo mal sua pergunta, mas, por padrão, quaisquer atalhos ou combinações de teclas que um site tenha foram desativados pelo Pentadactyl e somente os comandos Pentadactyl se aplicam.
Mas um "truque" essencial é mudar para o modo de passagem digitando <C-z> (mantenha o controle pressionado e digite z). Isso permitirá que você use os atalhos e as combinações de teclas definidas pelo site. Então você acabou de atingir <escape> para voltar ao modo normal.
Uma pequena variação disso é o comando <C-v> , que passará apenas a próxima tecla a acessar o site.