Certifique-se de que as permissões de gravação nos diretórios e arquivos sejam razoáveis. Você não quer que "Outro" seja capaz de escrever lá. O proprietário do arquivo e o grupo também são muito importantes. Você não quer que alguém adicione ou altere algo que será executado sob privilégios de root, mas isso pode fazer algo malicioso ou ter consequências não intencionais.
Adicionar esses diretórios ao final do PATH
é mais seguro, mas isso não lhe dá a oportunidade de ter substituições locais de utilitários padrão. Há vantagens e desvantagens para uma das abordagens.
Se você os deixar fora do PATH
do root, ainda será possível especificar o caminho absoluto explicitamente.