No Windows XP SP3, a diferença de desempenho é enorme. Aqui está um exemplo rodando o msysgit na mesma pasta, primeiro através de uma unidade de rede mapeada e depois via uma unidade regular:
# Z:
$ time git log > /dev/null
real 0m1.518s
user 0m0.045s
sys 0m0.061s
# C:
$ time git log > /dev/null
real 0m0.382s
user 0m0.061s
sys 0m0.046s
Isso pode não ser um problema para seu caso de uso ou até mesmo para a maioria dos casos de uso. No entanto, nesse caso, esse aplicativo fica mais lento em uma ordem de grandeza e dificulta bastante sua usabilidade.
A alternativa que encontrei é usar o comando subst
:
subst z: c:\some\longer\path