O comando run , no pacote run , faz exatamente isso:
c:\cygwin\bin\run.exe /usr/bin/xemacs
A janela do console pode ficar visível por um momento quando você iniciar o Xemacs, mas depois disso ele ficará oculto.
O título resume muito bem - gosto de editar texto com xemacs rodando sob o cygwin, e prefiro que ele não apareça em uma janela do console quando eu inicio de um atalho. Alguma sugestão?