Eu suspeito que o problema é que o NetBeans não conhece a classe de sua variável. (Isso acontece muito no PHP, sendo fracamente digitado). Logo após você atribuir o valor à variável, coloque um comentário de dica de tipo especial:
$database=someFunction(); /* @var $database DatabaseClass */
Esta dica dirá ao Netbeans o tipo de $ database, permitindo que ele sugira métodos. Se você tiver controle sobre a fonte de someFunction, também poderá adicionar uma dica. Consulte o link para obter muitos exemplos.