Você pode seguramente parar o Desfragmentador de Disco, contanto que faça isso clicando no botão Parar, e não matando-o com o Gerenciador de Tarefas ou "puxando o plugue". O Desfragmentador de Disco simplesmente completará a movimentação do bloco que está executando no momento e interromperá a desfragmentação.