A partir da base de conhecimento do mozilla firefox:
A master password will not prevent others from reading locally stored e-mails, reading your browsing history, or from accessing sites the browser is already logged in to.
Você provavelmente clicou em " lembrar de mim " ou alguma opção semelhante nos sites mencionados. Os cookies não são protegidos pela senha mestra. É por isso que você ainda está conectado automaticamente nesses sites. O Firefox não faz o seu login, o site faz.
Como corrigir isso?
Faça logout em todos os sites (sempre faça isso!) e nunca clique em "lembrar de mim" novamente. Apenas deixe o firefox completar automaticamente o campo nome de usuário / senha. Agora você está protegido pela senha mestra no Firefox.