Eu já vi isso acontecer algumas vezes. Quando aconteceu comigo, pareceu que o gerente de composição do Unity parou de desenhar a tela por algum motivo.
Como alternativa ao reinício da minha sessão, mudei para um terminal como você fez e, em seguida, executei o seguinte:
DISPLAY=:0.0 unity --replace
Isso fez tudo desenhar novamente. É possível que você possa executar cegamente unity --replace
a partir do prompt Alt + F2 neste caso, mas eu não tentei isso.
Ainda não fiz nenhuma investigação sobre a causa subjacente.