O RDP (Remote Desktop) será significativamente melhor que qualquer outro baseado em VNC, simplesmente por causa de sua arquitetura. O RDP envia comandos de desenho em vez de bitmaps, por isso é muito mais eficiente e responsivo do que qualquer coisa, exceto o Citrix.
Qualquer solução de desktop remoto é extremamente sensível à latência também. O que você puder fazer nessa frente só pode ajudar.
A única variante VNC que eu vi que tem um desempenho muito melhor que o restante do pacote é o UltraVNC com o driver espelhado instalado. Uma vez instalado e configurado corretamente, você terá uma boa experiência, mas ainda é pouco comparado ao RDP.