GregoryM, eu também estava tendo esse problema.
Por um tempo eu estava usando o método hack de alternar entre Debug e Release quando o compilador não conseguia substituir o project.exe. Farto do ridículo desse método, pesquisei o problema e topei com o seu post. Seguindo o seu link sevenforums.com, decidi tentar a resposta listada no último post (ativando o Application Experience e o Program Compatibility Assistant), e eis que realmente funcionou.
O PCA já estava ativado & em execução no meu sistema, mas AE não foi ativado; depois de ativar o AE e iniciar o serviço, consegui executar o & Sair do meu programa no modo de depuração 30 vezes consecutivas sem qualquer problema. Também testei pequenas alterações rápidas no programa entre as execuções (como eu vinha fazendo, tentando encontrar um bom tamanho x / y para um gráfico baseado em console), e não experimentei essa exclusão atrasada desde então. / p>
Talvez essa seja a raiz do seu problema também. Espero que isso ajude.