Não tenho certeza da etiqueta aqui. Nenhuma das sugestões funcionou, então não quero aceitar nenhuma delas. Mas eu encontrei Paragon Total Defrag (30 dias de teste), e parece ter feito o truque depois de me permitir criar um CD de inicialização e desfragmentar a partir disso.
Eu ainda não restaurei a unidade de 12Gb ainda, mas o 'mapa de disco' do SmartDefrag sugere que os arquivos estranhos no final da antiga unidade de 40Gb acabaram.
Esteja avisado! Demorou mais de 2 horas para que a Paragon desfragmentasse uma unidade que já estava totalmente otimizada, além dos poucos arquivos complicados. Então eu não tentaria em uma unidade de 1 TB + a menos que você tenha um fim de semana livre!