Você respondeu sua própria pergunta - não há nenhum conceito no ftp de 'remover um diretório e tudo abaixo dele' com um comando. A maioria dos clientes FTP, portanto, itera todos os arquivos, um de cada vez, e remove o diretório pai.
Por que o FileZilla reajusta cada arquivo em uma pasta e exclui cada um deles, em vez de simplesmente excluir a pasta? Eu sei que isso soa como uma pergunta simples, e provavelmente tem a resposta simples que o FTP não exclui pastas, mas eu estava imaginando se alguém poderia lançar alguma luz sobre esse assunto.