Definitivamente, não há necessidade de usar o gcc-4.3. É claro que você sempre recebe a mensagem de aviso durante a criação de arquivos mex:
Aviso: você está usando a versão do gcc "4.6.x.x)". A versão atualmente suportada pelo MEX é "4.3.4". Para obter uma lista de compiladores atualmente suportados, consulte: link
mas isso é um aviso - a função MEX ainda irá compilar !!!
A única coisa a mudar é o novo link na biblioteca libc.so.6: (veja link )
Então, para 64 bits: Remover link antigo
sudo rm /lib64/libc.so.6
(Tenha cuidado ao remover o link antigo. É essencial para o Linux inicializar. Então, se você reiniciar antes de substituir o link com a nova versão, então será hora de cavar um disco ao vivo. Se você é paranóico então você pode copiar "cp" libc.so.6 para algo como libc.so.6.backup primeiro.
Substituir por novo link
sudo ln -s /lib/x86_64-linux-gnu/libc-2.13.so /lib64/libc.so.6
para 32 bits: (Eu não testei isso porque eu só executo sistemas x64, mas pelos comentários eu acho que deveria funcionar)
Remover link antigo (novamente, tenha cuidado com este comando)
sudo rm /lib32/libc.so.6
Substituir por novo link
sudo ln -s /lib/i386-linux-gnu/libc-2.13.so /lib/libc.so.6
Claro que se esta for uma nova instalação do Ubuntu, você provavelmente não precisará do comando rm (remove).