Existem vários vetores de ataque de drivers ruins que podem utilizar extensões VT para fazer coisas potencialmente ruins. é por isso que a configuração geralmente está na seção "segurança" da sua interface do BIOS.
Além disso, quanto menor o conjunto de instruções, mais eficiente o processador funciona em um nível muito baixo (daí o interesse das últimas décadas em chips RISC). tê-lo desativado permite que a CPU armazene menos instruções em cache e pesquise o cache mais rapidamente.