Eu sei que este post já é bem antigo, mas espero que isso possa poupar muita gente com esse problema se alguém se deparar com ele no futuro.
Existe uma maneira muito mais simples de resolver isso quando o Windows e o Linux são instalados no mesmo disco, em vez de passar por todo o esforço listado na resposta "Caso difícil" (pelo menos, na minha experiência).
Dual boot Linux (embora eu não possa falar por todas as distribuições, então isso pode não ser verdade em alguns casos), em uma máquina Windows não remove ou afeta o MBR na partição do Sistema de qualquer forma. Tudo o que ele faz é torná-lo inativo e, em vez disso, usa a partição do carregador de inicialização GRUB como a partição ativa. Portanto, não há absolutamente nenhuma necessidade em mexer com o carregador de boot, não há necessidade de ter que reconstruir qualquer carregador de boot, não há necessidade de qualquer complicação. Tudo o que precisa ser feito para instalar esta atualização com falha é:
1.) Altere a partição do sistema Windows (normalmente a menor partição, a 100MB) para ativa. Isso pode ser feito através da GUI de Gerenciamento de Disco, se você realmente puder entrar no sistema Windows, ou pode fazê-lo através do utilitário de prompt de comando Diskpart no modo de reparo com:
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diskpart
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selecione o disco 0 (ou o número do disco em que o Windows está instalado. Você pode descobrir usando "list disk" sem as aspas)
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selecione a partição 1 (novamente, você pode encontrar o número de partição apropriado digitando "list part" sem aspas. a partição de 100 MB geralmente é a partição do sistema Windows)
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ativo (isso ativará a partição selecionada, tornando a partição do GRUB inativa, já que permitirá apenas uma partição de inicialização ativa)
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sair e reiniciar o sistema, ele deve inicializar diretamente no Windows a partir do gerenciador de inicialização do Windows
2.) Instale a atualização que causou o problema (geralmente KB3033929) e reinicie o Windows. Deve instalar com sucesso.
3.) Reinicie em um prompt de comando e mude a partição ativa de volta para a partição do GRUB (geralmente não mais do que algumas centenas de MBs) de forma semelhante à forma como ativamos o carregador de inicialização do sistema Windows no início. Certifique-se de escolher o número de partição correto ao fazer isso. Exemplo de comandos:
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diskpart
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selecione o disco 0
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selecione a partição 3
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ativo
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sair
4.) Reinicie o sistema. Ele deve inicializar de volta no carregador do GRUB como era antes, com todas as suas opções de SO disponíveis. Verifique suas Atualizações do Windows e você verá que todas as suas atualizações foram instaladas com sucesso e seu sistema deve estar funcionando corretamente.
Essa solução levou menos de 2 minutos para ser concluída e foi incrivelmente simples. Espero que ajude os outros e poupe tempo para as pessoas se depararem com esses problemas.