Use o Notepad ++ plugin TopMost e selecione a opção 'Tornar minha janela transparente'.
Minha experiência com este plugin tem sido muito limitada e eu vim a saber sobre isso quando tive o problema oposto exato com o meu Notepad ++: minha janela do Notepad ++ tornou-se inesperadamente transparente. Consegui remover a transparência desativando a opção "Tornar minha janela transparente" no menu Plugin-> TopMost no NotePad ++.
Esta é a descrição do Plugin que o Notepad ++ fornece:
TopMost allows to set the main Notepad++ window as a topmost window so it can stay on top of other windows even when it is not active. This plugin sync with Notepad++ own stay on top functionality and allows to remember the setting between restarts as well as to show a toolbar button. Author: Franco Stellari