O seguinte funciona no Linux e no Cygwin.
vimdiff <(cut -c8-19,23- file1) <(cut -c8-19,23- file2)
Por algum motivo no Cygwin, o Vim solicita que cada arquivo tenha sido alterado desde o início da edição e pergunta "[O] K, (L) oad Arquivo:". Basta digitar O
de cada vez.
Se você não conseguir ver as colunas omitidas, será uma comparação visual, lado a lado.