A última vez que precisei fazer isso, tive que executar duas sessões X separadas, feitas com várias Screen seções em xorg.conf , e isso envolveu muita discussão. Tem havido uma certa revisão no xorg desde que eu tive que fazer isso, mas eu não posso imaginar o que você precisa fazer é muito diferente (diferente do que eu acho que por padrão o xorg não cuspa mais um arquivo conf).
Veja o artigo da Wiki do Gentoo, que ficou offline, mas ainda é disponíveis na Wayback Machine . particularmente os exemplos do xorg.conf logo abaixo dessa âncora. Se isso não ajudar, ou não ajudar muito, cole seu xorg.conf, ou o conteúdo do diretório de configuração do xorgs, e eu verei se posso ajudar você a se aproximar.