Certifique-se de que o Process Explorer esteja sendo executado com privilégios elevados. Por padrão, ele não será executado com privilégios elevados e, como tal, não mostrará todas as manipulações de arquivo, pois seu acesso à leitura de determinadas informações de recurso do processo é negado. Você deve, então, ser capaz de ver qual processo está mantendo esse diretório e, assim, matar o processo.