O tamanho relatado por ls -l
para um diretório não tem relação com o tamanho acumulado dos arquivos armazenados nele.
É justo, para sistemas de arquivos mais comuns, o tamanho em bytes que foi requerido para armazenar as entradas de diretório. Este tamanho cresce em tamanho de bloco (por exemplo: 4096, 8192, ...). Quantas entradas podem ser armazenadas em um bloco depende do sistema de arquivos e também variam com o tamanho dos nomes dos arquivos.
Quando as entradas do diretório são removidas, o tamanho do diretório não é afetado para reduzir a fragmentação.
No seu exemplo, o diretório external3
tem 18 * 4096
blocos alocados, enquanto o external4
tem 17 * 4096
bloqueia.
Isso significa apenas que o primeiro armazenou mais uma vez arquivos (ou arquivos com nomes maiores) mesmo quando o conteúdo do diretório é atualmente idêntico. Não é grande coisa.