Eu tive esse problema com os mp3s do Bandcamp - seus arquivos têm o artista e o título do álbum e o título da música no nome do arquivo, então às vezes eles ficam longos!
Minha solução é usar a opção "preview" do Ark.
Depois de selecionar o arquivo incorreto e selecionar Visualizar, ele começa a ser reproduzido no meu music player (uso o Clementine). Então clique com o botão direito no arquivo no Clementine e clique em "show in file browser". Isso abre uma janela do navegador de arquivos que mostra o diretório temporário em que o arquivo visualizado está sendo mantido (se você usar um reprodutor de música diferente sem essa opção, imagine que só precisará encontrar o diretório manualmente).
Eu então paro a música tocando, depois renomeio rapidamente no diretório temporário e recorto e colo no lugar que eu quero.
Se você estiver muito lento, o arquivo desaparecerá do diretório temp e você terá que começar de novo.
Não sei se funcionaria para outros tipos de arquivos.
Espero que isso ajude quem veio aqui do google como eu fiz. Como não-techy, eu não entendi o que "imprimir o arquivo problemático para stdout" significa, mas essa solução funciona para mim!