As pastas AppData armazenam informações por usuário para os aplicativos, portanto, se você excluir os dados de um aplicativo, ele precisará recriá-lo dos valores padrão. Com efeito, o programa esquecerá que você o usou anteriormente, opções de configuração que você pode ter feito, arquivos salvos (como savefiles de jogos), etc.
Recomendamos que você use uma ferramenta como windirstat para determinar onde o espaço está sendo usado e quais aplicativos dependem dele. A partir daí, você pode começar a determinar o impacto da exclusão proposta.
Veja aqui mais algumas informações relacionadas à sua consulta: link